В Университете ИТМО разработали алгоритм, позволяющий автоматически распознать в геномах изменения, ответственные за эволюцию бактерий. Новый метод упростит изучение эволюционных механизмов бактериальных геномов.
«Наш метод умеет анализировать филогенетическое дерево, построенное для бактериальных штаммов, изучать схожие участки в геномах, автоматически находить нужные нам признаки и раскрашивать штаммы на филогенетическом дереве в определенный цвет в зависимости от состояния признака — например, была инверсия или нет. Это визуальное отображение информации о геноме в виде графов», — пояснил главный автор исследования, аспирант факультета информационных технологий и программирования Университета ИТМО Алексей Забелкин.
Разработанная технология универсальна — ее можно использовать для анализа различных бактериальных штаммов стрептококка и других бактерий в медицине, генной инженерии, сельскохозяйственных и фундаментальных биологических исследованиях. Так, изучение эволюционных механизмов бактерий поможет узнать причины и механизмы возникновения их устойчивости к антибиотикам.
«Такой систематический анализ с точки зрения биоинформатики, построения деревьев и изучения эволюции последовательностей большого количества штаммов мало кто делал. Обычно люди находят подобные явления “в пробирке”. Допустим, биолог обнаружил какие-то закономерности в одном определенном штамме и потом их описал. Наш проект решает эту проблему, анализируя данные множества штаммов одного вида и сравнивая их», — заключил Алексей Забелкин.
Источник: Пресс-служба Университета ИТМО
Вам может быть интересно
10 августа
В Новосибирске состоится IX Международный форум технологического развития «Технопром-2022»
8 августа
Победитель «Лидеров России» предлагает создать команду ученых для интенсивного импортозамещения в химической промышленности
5 августа
Экскурсии «Наука рядом»: в июле школьники узнали, как создают вакцины, увидели строительство судов и сыграли роботами в лазертаг